Το Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Αλεξανδρούπολης συγκαταλέγεται μεταξύ των δέκα νοσηλευτικών ιδρυμάτων που επιλέχθηκαν πανελλαδικά, για την πιλοτική εφαρμογή του Εθνικού Προγράμματος Πρόληψης και Ελέγχου Νοσοκομειακών Λοιμώξεων και της Μικροβιακής Αντοχής.