Η Μεγάλη του Γένους Σχολή (τουρκικά: Fener Rum Erkek Lisesi) είναι το αρχαιότερο σε λειτουργία εκπαιδευτικό ίδρυμα του Ελληνισμού. Επανιδρύθηκε μετά την Άλωση Κωνσταντινουπόλεως (ως συνέχεια της Οικουμενικής Πατριαρχικής Σχολής που ιδρύθηκε τον 4ο αιώνα από τον Μεγάλο Κωνσταντίνο) από τον Πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο, ο οποίος κάλεσε τον Θεσσαλονικέα φιλόσοφο Ματθαίο Καμαριώτη και του ανέθεσε την ανασυγκρότηση της διαλυμένης Πατριαρχικής Ακαδημίας. Αποτελεί ουσιαστικά την ιστορική συνέχεια της Πατριαρχικής Σχολής ή Πατριαρχικής Ακαδημίας ή Μεγάλου Βήματος που ιδρύθηκε τον 9ο αιώνα.
Από τη σύστασή της έως το έτος 1803 η Πατριαρχική Ακαδημία στεγάζεται σε διάφορα οικήματα του Φαναρίου. Το έτος 1804 η Σχολή μεταφέρεται στο μέγαρο του Αλεξάνδρου Μαυροκορδάτου στην Ξηροκρήνη (Κουρούτσεσμε) όπου και λειτούργησε έως το 1825. Τότε επανήλθε στην αρχική της έδρα στο Φανάρι και μεταφέρθηκε εκ νεόυ στην Ξηροκρήνη από το έτος 1837 έως το 1849. Τη χρονία εκείνη εγκαταστάθηκε οριστικά στο Φανάρι.
Χάρη στις δωρεές του Γεωργίου Ζαρίφη, των πατέρων της Ιεράς Μονής Βατοπεδίου, καθώς κι άλλων δωρητών, στις 30 Ιανουαρίου 1880 εορτή των Τριών Ιεραρχών, τοποθετείται ο θεμέλιος λίθος ενός επιβλητικού ως έμελλε να είναι κτιρίου, που δεσπόζει επί του Κερατίου Κόλπου, στην συνοικία του Μουχλίου και πλησίον του ομωνύμου ναού της Παναγίας. Αρχιτέκτονας ο Κωνσταντίνος Δημάδης.
Τα εγκαίνια πραγματοποιήθηκαν από τον Πατριάρχη Ιωακείμ Γ΄ στις 12 Σεπτεμβρίου 1882.
Από τότε, μέχρι και το 1821 (οπότε και έκλεισε για 4 συνεχόμενα έτη) άλλαξε αρκετές τοποθεσίες. Το 1825 ξεκινάει πάλι να λειτουργεί αλλάζοντας την ονομασία της από “Πατριαρχική Ακαδημία” σε “Μεγάλη του Γένους Σχολή”, την οποία και διατηρεί μέχρι σήμερα.
Από το 1454 λειτουργεί σχεδόν αδιαλείπτως, παρέχοντας υψηλού επιπέδου μόρφωση στους Έλληνες και όχι μόνο μαθητές της. Μεταξύ των αποφοίτων της περιλαμβάνονται οι γόνοι των διαπρεπών Φαναριώτικων οικογενειών, πλήθος πατριαρχών και Ορθοδόξων Ιεραρχών, υψηλόβαθμοι αξιωματούχοι της Υψηλής Πύλης (ακόμη και Τούρκοι) μέχρι και πολιτικοί του Νέου Ελληνικού κράτους. Σήμερα λειτουργεί ως σχολείο δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.
Στα 500 χρόνια λειτουργίας του άλλαξε αρκετές φορές έδρα. Αρχικά λειτουργούσε εντός του Πατριαρχείου, που την εποχή εκείνη στεγαζόταν στο ναό των Αποστόλων και στην Παμμακάριστο. Κατά καιρούς λειτούργησε σε διάφορες οικίες στο Φανάρι ή στα χωριά του Βοσπόρου. Το πότε έπαψε να λειτουργεί είναι ένα θέμα ανοικτό για τη σύγχρονη έρευνα.
Η επανίδρυση της σχολής
Το 1661 ο Μανωλάκης Καστοριανός επανίδρυσε την Πατριαρχική Σχολή της Κωνσταντινούπολης, για την οποία όχι μόνο αγόρασε ειδικό κτίριο στο Φανάρι, αλλά ανέλαβε να χρηματοδοτεί και τρεις δασκάλους. Όμως η χρονολογία αυτή κρίνεται ως επισφαλής από τη νεώτερη έρευνα: συγκεκριμένα ο Παρανίκας στηρίχθηκε σε μια επιστολή του Ευγένιου Γιαννούλη προς τον Μανωλάκη Καστοριανό στην οποία υπάρχει η χρονολογία αυτή, η οποία είναι μεταγενέστερη προσθήκη πιθανότατα με το ίδιο χέρι και είναι λανθασμένη και αμφίβολη.[ Βρίσκεται μετά την προσφώνηση και όχι στο τέλος της επιστολής. Επί πατριαρχίας Ιωακείμ Γ’ αποφασίστηκε η ανέγερση μεγαλοπρεπούς κτιρίου, κοντά στην έδρα του Πατριαρχείου, που θα φιλοξενούσε τη Σχολή. Υπό τη διεύθυνση του Έλληνα αρχιτέκτονα Κωνσταντίνου Δημάδη οι εργασίες ολοκληρώθηκαν μέσα σε μια διετία (1881-1883). Η κατασκευή του κόστισε 17.210 Οθωμανικές λίρες και το κτηριακό συγκρότημα αποτελεί σήμα κατατεθέν του Κερατίου κόλπου, σύμβολο της χρυσής περιόδου του Ελληνισμού της Πόλης. Αποκαλείται δε συχνά από τους ντόπιους Κόκκινο Κάστρο ή Κόκκινο Σχολείο λόγω του χαρακτηριστικού σχεδίου και χρώματός του. Σήμερα, είναι το δεύτερο μεγαλύτερο εκπαιδευτικό ίδρυμα στην περιοχή.
Το 1952 και 1958 η Μεγάλη του Γένους Σχολή απέκτησε δύο ακίνητα, ένα μέσω δωρεάς και ένα μέσω αγοράς. Η απόκτηση του ακινήτου αμφισβητήθηκε από το Δημόσιο Ταμείο (Hazine) της Τουρκίας και μέσω Τουρκικού δικαστηρίου δικαιώθηκε επικαλούμενος απόφαση του Ανώτερου Ακυρωτικού Δικαστηρίου το 1974 κατά την οποία ιδρύματα της μειονότητα δεν μπορούν να αποκτούν ακίνητα. Το 1996 έγινε προσφυγή στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και η Μεγάλη του Γένους Σχολή δικαιώθηκε στις 9 Ιανουαρίου 2007. Με την απόφαση αυτή η Τουρκία υποχρεώθηκε να επιστρέψει τα ακίνητα και να καταβάλει αποζημίωση 890.000 ευρώ και 20.000 ευρώ για τα δικαστικά έξοδα.
