Από τον σεισμό του 2014, κατά τον οποίο το μουσείο υπέστη καταστροφικές ζημίες έως και το 2019, δεν είχε προχωρήσει καμία διαδικασία για την επαναλειτουργία του μουσείου. Οι προαπαιτούμενες διαδικασίες για την τροποποίηση του ρυμοτομικού σχεδίου, καθώς τμήμα του κτηρίου του μουσείου ρυμοτομούνταν επί της οδού Βαλλιάνου, ξεκίνησαν το 2020. Η τροποποίηση εγκρίθηκε τον Δεκέμβριο 2021. Η μουσειολογική μελέτη εγκρίθηκε από το Συμβούλιο Μουσείων του ΥΠΠΟΑ, στις 25 Οκτωβρίου 2021, ενώ η προμελέτη ανακατασκευής του κτηρίου εγκρίθηκε, από το Συμβούλιο Μουσείων, στις 18 Ιουλίου 2022.
Όπως δήλωσε η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη: «Σύμφωνα με τις δεσμεύσεις μας, προχωρούμε στην ανακατασκευή του Αρχαιολογικού Μουσείο Αργοστολίου, προκειμένου η Κεφαλονιά να αποκτήσει ένα νέο, σύγχρονο μουσείο, αντάξιο του πλούσιου πολιτιστικού της αποθέματος. Από το 2014 και τον ισχυρό σεισμό που έπληξε την Κεφαλονιά, χάθηκε πολύς χρόνος. Με την ένταξη, πλέον, του έργου στο Ταμείο Ανάκαμψης, η αρμόδια υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού ξεκινά την διαδικασία δημοπράτησης του έργου. Προβλέπεται η δομική και γεωμετρική «ανασχεδίαση» του υφιστάμενου κτηρίου και η αντικατάστασή του με νέο, στη μορφή που έχει σήμερα, υπακούοντας στο ρεύμα του μοντερνισμού, ως έργο του Πάτροκλου Καραντινού, διατηρώντας απολύτως τον όγκο και την αισθητική του».
Κατά την έγκριση του κτηριολογικού προγράμματος αποφασίστηκε ότι το κτήριο χρήζει δομικής, τεχνολογικής και λειτουργικής αναβάθμισης, μέσω της καθαίρεσης και της ανακατασκευής του διατηρώντας την εξωτερική ογκοπλασία και την αισθητική του. Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αργοστολίου, έργο του Κεφαλονίτη αρχιτέκτονα Πάτροκλου Καραντινού, κτίστηκε μετά τους σεισμούς του 1953. Ο ανασχεδιασμός της αρχιτεκτονικής προμελέτης ακολουθεί τα μορφολογικά στοιχεία του υφιστάμενου κτίσματος, ενώ ο κύριος όγκος των διαφοροποιήσεων σε σχέση με το υφιστάμενο κτήριο, αφορά στο εσωτερικό του. Σύμφωνα με την εγκεκριμένη μελέτη, αυξάνεται η ωφέλιμη επιφάνεια των εκθεσιακών χώρων, ώστε η λειτουργική του αναβάθμιση να καλύπτει τις ανάγκες ενός σύγχρονου κτηριολογικού προγράμματος. Το νέο Μουσείο εμβαδού 1.366 τ.μ., θα πληροί όλες τις απαραίτητες προδιαγραφές λειτουργίας σύμφωνα με τους ισχύοντες κανονισμούς και θα είναι πλήρως προσβάσιμο σε ΑμεΑ».
