Το σύστημα απαιτεί την βιομετρική καταγραφή κατά την είσοδο και την έξοδο από τη ζώνη Σένγκεν, με συλλογή δακτυλικών αποτυπωμάτων και φωτογραφιών για ταξιδιώτες εκτός Σένγκεν, συμπεριλαμβανομένου του Ηνωμένου Βασιλείου.
Σημειώθηκαν προβλήματα σε κόμβους και περιφερειακά αεροδρόμια, ανάμεσα τους Γενεύη, Λισαβόνα, Μάλτα, Βρυξέλλες και Schiphol του Άμστερνταμ, όπου επιβάτες ανέφεραν αναμονές που σε κάποιες περιπτώσεις ξεπέρασαν τις δύο ώρες στα σημεία ελέγχου διαβατηρίων. Αεροδρόμια επιβεβαίωσαν μέσω των επίσημων ανακοινώσεων «μεγάλες καθυστερήσεις» και ακυρώσεις, ενώ κοινωνικά δίκτυα γέμισαν αναφορές επιβατών με εικόνες από υπερπλήρεις αίθουσες αναμονής.
Το EES σχεδιάστηκε για την καταγραφή εισόδου και εξόδου προκειμένου να βελτιωθεί η ασφάλεια στα εξωτερικά σύνορα της ΕΕ και να διευκολυνθεί η διαχείριση κορμών δεδομένων ταξιδιωτών, αλλά στελέχη αεροδρομίων και αεροπορικές εταιρείες αναφέρουν ότι τα μεταβατικά προβλήματα στην εφαρμογή του συστήματος έχουν επιβαρύνει την επιβατική ροή και τις χρονοδρομήσεις πτήσεων.
Στο Άμστερνταμ επιβάτης περιέγραψε σκηνές με «ηλικιωμένους και γονείς με μικρά παιδιά» να περιμένουν σε ουρές για τα αυτόματα σημεία ελέγχου, επισημαίνοντας ότι «σχεδόν κανένα» από τα διαθέσιμα μηχανήματα δεν λειτουργούσε. Στο Μιλάνο αναφέρθηκαν αναμονές έως και τρεις ώρες στον έλεγχο διαβατηρίων και περιστατικά λιποθυμιών.
Περίπου 100 πελάτες της easyJet έμειναν στο αεροδρόμιο Linate ενώ περίμεναν να επιβιβαστούν σε πτήση για το Μάντσεστερ, καθώς το πλήρωμα αποφάσισε να αναχωρήσει χωρίς αυτούς. Η εταιρεία δήλωσε ότι η κατάσταση ήταν «εκτός ελέγχου της» και χαρακτήρισε τις καθυστερήσεις «απαράδεκτες».
Σύμφωνα με πληροφορίες, η easyJet καθυστέρησε την πτήση κατά 52 λεπτά για να δοθεί επιπλέον χρόνος στον έλεγχο διαβατηρίων, αλλά το πλήρωμα πλησίαζε το ανώτατο όριο επιτρεπόμενων ωρών εργασίας για λόγους ασφάλειας και η πτήση αναχώρησε με πολλές κενές θέσεις.
Ο διευθύνων σύμβουλος της Ryanair φέρεται να υποστήριξε ότι η ΕΕ «τιμωρεί» τους Βρετανούς ταξιδιώτες μετά το Brexit, όπως έχει αναφερθεί σε σχετικές δηλώσεις. Οι αρχές των αεροδρομίων και οι αεροπορικές εταιρείες έχουν ανακοινώσει μέτρα προσαρμογής και ενισχυμένη επικοινωνία προς τους επιβάτες, ενώ οι τεχνικές υπηρεσίες καταβάλλουν προσπάθειες για την αποκατάσταση της ομαλής λειτουργίας των αυτόματων σημείων ελέγχου.
